Innovation dans les laboratoires avec le projet AUTOMETA : la préparation automatisée d’échantillons pour l’analyse métabolomique permet des analyses plus fiables et des traitements personnalisés efficaces. Cette innovation est développée par un consortium binational qui regroupe l’Université de Fribourg, l’Université de Bâle et la Hahn-Schickard-Gesellschaft für angewandte Forschung e.V. Les chercheurs collaborent avec des entreprises afin de développer une solution basée sur des disques microfluidiques centrifuges pour automatiser la préparation des échantillons. Le Pilier Sciences s’est entretenu avec le porteur de ce projet financé dans le cadre de l’Offensive Sciences, qui nous a présenté la genèse du projet, l’expertise des équipes de recherche et les avancées que cette technologie pourrait apporter aux entreprises Med-tech et aux patients.

Pouvez-vous vous présenter brièvement et décrire votre rôle dans le projet AUTOMETA ?

Je m’appelle  Bernd KAMMERER, je suis responsable du département Métabolomique au Centre d’analyse des biosystèmes de l’université de Fribourg et coordinateur scientifique du projet AUTOMETA.

Comment l’idée de AUTOMETA est-elle née et que développez-vous dans le cadre de ce projet ?

Nous travaillons dans le domaine de la métabolomique, c’est-à-dire l’étude des métabolites dans les cellules, les biofluides, les tissus ou les organismes. Les métabolites comprennent tous les sous-produits du métabolisme. Ils peuvent donner un aperçu en temps réel de l’état physiologique d’une personne, d’un animal ou même d’un arbre.
Le problème est que la préparation des échantillons pour l’analyse métabolomique est très fastidieuse lorsqu’elle est effectuée manuellement. Ces processus manuels sont non seulement coûteux, mais aussi sujets à des erreurs humaines, ce qui peut finalement compromettre la fiabilité des résultats. Nous souhaitons donc automatiser cette préparation des échantillons.

Quelle est la technologie derrière AUTOMETA ?

Nous développons des disques microfluidiques centrifuges. Microfluidique signifie que nous travaillons avec de très faibles volumes de liquide. Les disques ressemblent beaucoup à des CD dans lesquels nous intégrons des canaux et des chambres microfluidiques. L’idée est ensuite de pipeter un échantillon liquide du patient, tel que de l’urine ou du sang, dans une chambre d’entrée sur le disque. Nous faisons ensuite tourner le disque à l’aide d’une centrifugeuse spéciale. Sous l’effet de la force centrifuge, l’échantillon se déplace à travers les canaux et les chambres, où différents processus biochimiques se déroulent automatiquement. Le produit final peut ensuite être prélevé et testé à l’aide d’un spectromètre de masse afin d’analyser avec précision les métabolites spécifiques qui nous intéressent.

Plusieurs partenaires universitaires de la région du Rhin supérieur participent au consortium de votre projet. Quelles sont les compétences apportées par chaque établissement ?

À l’Université de Freiburg, nous avons travaillé sur un protocole visant à analyser les marqueurs du cancer. Nous souhaitons ainsi démontrer que certains métabolites permettent de détecter le cancer beaucoup plus tôt et plus rapidement, avant que la maladie ne cause des dommages importants.
Nos partenaires de l’Université de Bâle ont élaboré un protocole pour identifier rapidement les intoxications fongiques. Après une intoxication fongique, il est en effet important d’agir dans les 24 heures. Or, ces intoxications sont souvent mal diagnostiquées et lorsqu’il s’avère qu’il s’agit bien d’une intoxication fongique, il est souvent trop tard.
Nos autres partenaires de la Hahn-Schickard Gesellschaft ont révisé ces protocoles afin de les adapter à la microfluidique et travaillent actuellement à la fabrication et à l’expérimentation des disques.

Quel est pour vous l’avantage de développer ce projet avec des partenaires de la région frontalière et, inversement, quelle est la valeur ajoutée de votre projet pour le Rhin supérieur ?

Dans le Rhin supérieur, nous bénéficions de l’expertise des différents pays. Il n’est pas facile de mettre en place de tels projets internationaux, notamment en raison des différences entre les subventions, les monnaies ou les systèmes scientifiques. C’est pourquoi nous avons beaucoup apprécié l’existence de fonds de financement tels qu’Interreg et l’Offensive Sciences qui nous permettent de financer notre projet.
L’industrie pharmaceutique est également très développée dans toute la région du Rhin supérieur. C’est pourquoi il est très intéressant pour nous de travailler sur un tel projet dans cette région. De plus, les nombreuses entreprises de ce secteur peuvent également bénéficier de notre automatisation, car celle-ci permet de réduire aussi leurs coûts. La région du Rhin supérieur peut ainsi rester compétitive à long terme.

Le Projet AUTOMETA est un projet de l‘Offensive Sciences de la Région Métropolitaine trinationale du Rhin supérieur, co-financé par le programme Interreg Rhin supérieur, la Région Grand Est, le Ministerium für Wissenschaft, Forschung und Kunst du Land de Bade-Wurtemberg et le Ministerium für Wissenschaft und Gesundheit du Land de Rhénanie-Palatinat. La Confédération Suisse et les cantons de la Suisse du Nord-Ouest participent au financement des partenaires suisses du projet. 

Plus d’informations : https://www.hahn-schickard.de/en/projects/projects/automatisierte-probenvorbereitung-zur-massenspektrometrischen-analyse-des-stoffwechsels-fuer-die-personalisierte-medizin-autometa